16 ஆம் நூற்றாண்டு முதல் 19ஆம் நூற்றாண்டு வரையிலான ஏறத்தாழ 350 ஆண்டுகள் இந்தியாவில் முகலாயர்களின் ஆட்சிக்காலம். அதுவரை இந்தியாவினை ஆண்டு வந்தவர்கள் ஆப்கானிய வம்சத்தைச் சேர்ந்த சுல்தானியர்கள். சுல்தானியர்களும் இன்றைய இந்திய நிலப்பரப்பு முழுவதையும் ஆளவில்லை. இன்றைய வட இந்திய நிலப்பகுதி, பாகிஸ்தான், பங்களாதேஷ், ஆப்கானிஸ்தான் ஆகியவற்றை உள்ளடக்கிய ஓர் நிலப்பகுதியினை ஆண்டு வந்தார்கள். அவர்களைத் தோற்கடித்தே முகலாயப் பேரரசினை பாபர் தொடங்கி வைத்தார்.
மங்கோலிய இன செங்கிஸ்கான் வழி வந்தவர் தைமூர். தைமூர் மங்கோலிய, துருக்கிய இனக்கலப்பினை பூர்வீகமாகக் கொண்டவர். அவர் உருவாக்கியது தைமூர் பேரரசு. அவருடைய தைமூர் வம்சம் 1300 களிலிருந்து 1500 வரை மத்திய ஆசியாவை ஆண்ட தைமூர் பேரரசையும், பின்னர் 1500 களிலிருந்து 1800 வரை இந்தியாவை ஆண்ட முகலாயப் பேரரசையும் உருவாக்கியது. தைமூரின் பேரனின் பேரன்தான் பாபர்.
இன்றைய உஸ்பெகிஸ்தானின் ஃபெர்கானாவில் பிறந்த பாபர், தன்னுடைய 12 வது வயதில் அரியணை ஏறுகிறார். பின்னர் சாமர்கண்டைக் கைப்பற்றுகிறார். அதன் பின்னர் முகமது சாய்பனியினால் உஸ்பெகிஸ்தானில் தோற்கடிக்கப்பட அங்கிருந்து வெளியேறுகிறார். மீண்டும் சாமர்கண்டை அடைய முயன்று தோல்வி அடைய, ஆப்கானிஸ்தானின் காபூலைக் கைப்பற்றுகிறார்.
அதன் பின்னர் தன்னுடைய கவனத்தை இந்தியா பக்கம் திருப்பும் பாபர் கைபர் கணவாய் வழியாக இந்தியாவில் நுழைந்து 1526 ஆம் ஆண்டு டெல்லியை ஆண்டு வந்த இப்ராஹிம் லோடியைத் தோற்கடிக்கிறார். அது முதலாம் பானிபட் போர். சுல்தான் லோடி ஆப்கன் வம்சத்தினைச் சேர்ந்தவர். அதனைத் தொடர்ந்து ஆட்சி அமைக்கும் பாபர் 1530 ல் இறக்கிறார். பாபருக்குப் பின்னர் அரசாள வரும் அவருடைய மகன் ஹியுமாயுனுக்கு அவருடைய சகோதரர்களுடனேயே பகை உருவாகிறது. அதனால் அவருடைய ஒரு சகோதரர் கொல்லப்படுகிறார். ஷெர் ஷாவிடம் தோல்வியடையும் ஹியுமாயுன் இந்தியாவிலிருந்து வெளியேறுகிறார். பின்னர் 15 ஆண்டுகள் கழித்து மீண்டும் ஷெர்ஷாவைத் தோற்க்டித்து டெல்லியைக் கைப்பற்றுகிறார்.
ஹியுமாயுனுக்குப் பிறகு ஆட்சிக்கு அவருடைய மகன் அக்பர் வருகிறார். அக்பரின் காலகட்டத்திலேயே முந்தைய அரசர்களைக் காட்டிலும் ஒப்பீட்டளவில் மத நல்லிணக்கம் பேணப்பட்டது. ஆட்சி எல்லை தென்னிந்தியாவிற்கும் நீட்டிக்கப்பட்டது. அவரைத் தொடர்ந்து ஆட்சிக்கு அவருடைய மகன் ஜஹாங்கீர், ஜஹாங்கீரின் மகன் ஷாஜகான், ஷாஜகானின் மகன் அவுரங்கசிப் வருகின்றனர்.
அவுரங்கசீப் காலத்தில் கடுமையான அரசு சட்டங்களும் கட்டுப்பாடுகளும் விதிக்கப்பட்டன. ஷரியத் சட்டம் அமல்படுத்தப்பட்டது. அவர் காலத்திலேயே முகலாய அரசு தன்னுடைய அதிகபட்ச ஆட்சி எல்லையை விரிவுபடுத்தியது. உலகின் ஒட்டுமொத்த உற்பத்தியில் கால்பங்கு இந்தியாவிலிருந்தே உற்பத்தியான காலகட்டம் அது. அவரின் காலத்தில் மேற்கொள்ளப்பட்ட பல்வேறு நடவடிக்கைகளே பின்னாளில் முகலாய பேரரசிற்கு எதிரான பல்வேறு கலவரங்களுக்கு வழிவகுத்தன. அவுரங்கசிப்பின் மகன் ஷா ஆலம் ஆட்சியில், அவுரங்கசிப்பினால் அமல்படுத்தப்பட்ட பல்வேறு சட்டங்கள் நீக்கப்பட்டாலும் அவை ஏற்கனவே போதுமான பாதிப்புகளை ஏற்படுத்தியிருந்தன.
அதன் பின்னர் ஆண்ட பல்வேறு முகலாய மன்னர்கள், குறுகிய காலம் அல்லது முன்போல் அல்லாத சிறிய நிலப்பரப்பினை மட்டுமே ஆண்டு வந்தனர். கிழக்கிந்திய கம்பெனியின் வளர்ச்சியும், மராத்தியர்களின் எழுச்சியும் அவர்களின் நில எல்லையைக் குறுக்கிக் கொண்டே வந்தன.
கடைசியாக இரண்டாம் பகதூர் ஷாவின் ஆட்சியின் போது ஏற்பட்ட சிப்பாய்க் கலகத்தின் விளைவாக 1857 இல் இந்தியா முற்றிலுமாக இங்கிலாந்து அரசின் நேரடிக் கட்டுப்பாட்டின் கீழ் வந்தது.
